Il film è ambientato quindici anni dopo gli eventi del primo episodio ed è incentrato su un gruppo di scienziati che stanno cercando di sopravvivere a San Francisco, mentre Caesar (Andy Serkis) cerca di mantenere il controllo sul regno delle scimmie, ormai geneticamente evolute. Le scimmie sono minacciate da un gruppo di umani sopravvissuti al virus devastante rilasciato una decade prima. Dopo aver raggiunto una pace precaria ed effimera, la guerra tra le due fazioni si riaccende, in modo da determinare quale sia la vera specie dominante della Terra.

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